私が中小企業にお勧めする会計ソフトをいくつか紹介したいと思います。

第1位　MFクラウド
第2位　会計ソフトfreee
第3位　JDL IBEX出納帳Major

第1位にはMFクラウドを選びました。
なぜクラウド系のソフトを上位に選んだかというのには理由があります。
月次決算を早期に固めるために、非常に効果的だからです。使い勝手の点では従来型の会計ソフトに軍配があがるかもしれませんが、そもそも入力があまり必要ない（あるいはCSV取り込みがかなりしやすい）のです。
クラウド会計の考え方を理解すれば、かなり使えるソフトだと思います。
では、なぜMFクラウドを1位に選んだかというと、他のソフトとの連携面です。
私が利用したいソフトと連携していたのが、一番大きな理由ですので、私の個人的な事情によるものです。
一番大きな違いとして総合振込の実装をfreeeでは行っているのに対し、MFクラウドは現在準備中のようです。総合振込が多い企業にとってはこの機能は注目すべき点です。更にfreeeから直接振込が出来るようになったのはとても便利です。（ジャパンネット銀行を利用した場合）
この他にもクラウド会計ソフトはありますが、画面の反応が遅い等、難点があります。

第3位にJDLを選んだのはこのソフトが無償で会計事務所と同期が可能だからです。
部門管理等は出来ませんが、クラウドには抵抗があるため導入したくない。コストも抑えたいというお客様に推奨しています。